Jak zidentyfikować geny odpowiedzialne za stan przedrzucawkowy

Stan przedrzucawkowy, charakteryzujący się wysokim ciśnieniem krwi i dużą zawartością białka w moczu, dotyka 50 000 matek i prawie miliona dzieci rocznie. Jak na razie jedynym lekarstwem jest przyspieszony poród, będący główną przyczyna śmierci noworodków.

Od dawna wiadomo, że czynniki genetyczne leżą u podłoża stanu przedrzucawkowego i mogą przyczyniać się do znacznych różnic w występowaniu pomiędzy populacjami. Uczestnicy projektu INTERPREGGEN (Genetic studies of pre-eclampsia in central Asian and European populations) badają zróżnicowanie genetyczne u 7600 matek z tą chorobą i ich 4000 dotkniętych nią dzieci, w porównaniu z próbą kontrolną 45000 osób zdrowych.

Ukończono analizy całogenomowe (GWAS) ponad 6000 chorych matek i 2000 dzieci z Islandii i Wielkiej Brytanii, jak również 3000 przypadków oraz kontroli z Kazachstanu. Genotypowanie rozpoczęto od 1000 matek cierpiących na stan przedrzucawkowy, 1000 dzieci i 1000 kontroli z Uzbekistanu.

Wyniki wskazały na kilka regionów matczynego genomu, które mogą nieść zmiany genetyczne związane z stanem przedrzucawkowym. Dalszym testom poddane zostanie dziewięć rzadkich wariantów z badanej populacji islandzkiej.

Proces zwany imputacją wykorzystuje genotyp najbliższego polimorfizmu pojedynczego nukleotydu, nawet gdy nie został on bezpośrednio poddany genotypowaniu. Miliony tych wyników zostały poddane metaanalizie, a najbardziej obiecujące, wykryte u matek i dzieci cierpiących na stan przedrzucawkowy, zostały pozostawione do ponownych testów.

Skuteczne narzędzie do przewidywania stanu przedrzucawkowego będzie najpewniej obejmować połączenie danych klinicznych, biochemicznych i genetycznych. Grupa robocza wprowadzenia do użycia klinicznego gromadzi obecnie kluczowe dane kliniczne z całego zbioru próbek użytych w projekcie INTERPREGEN, aby włączyć je do pojedynczej bazy danych. W połączeniu z informacjami genetycznymi uzyskanymi podczas realizacji projektu, oprogramowanie BCGene stworzy predyktywne algorytmy niniejszego narzędzia.

Badanie projektu INTERPREGGEN jest największym przedsięwzięciem tego typu. Odkrycie wariantów zwiększających ryzyko choroby pomoże pogłębić wiedzę na temat wadliwych szlaków biologicznych. Powinno to również utorować drogę racjonalnym podstawom zapobiegania i leczenia stanu przedrzucawkowego.